殺菌設備常見的殺菌方式主要包括物理殺菌和化學殺菌兩大類。
物理殺菌主要是通過物理手段，如加熱、輻射、照射等，使微生物致死。常見的物理殺菌方式有以下幾種：
蒸汽殺菌：利用高溫蒸汽對設備和管道進行殺菌處理。對于非無菌操作設備，通常在冷出口溫度至少為76.6°C時噴射15分鐘以上，或冷出口溫度最低93.3攝氏度時噴射5分鐘；對于某些無菌包裝系統來說，通常采用加熱空氣至280攝氏度以上配合雙氧水蒸汽，保持20~30分鐘來完成無菌消毒。
熱水殺菌：采用循環的高溫熱水對設備和管道進行殺菌處理。對于無菌操作系統來說，通常采用120°C高溫高壓熱水循環保持20分鐘以上。
紫外線殺菌：紫外線殺菌法主要用于設備表面及生產環境中空氣的殺菌。乳品廠加入到原料中的水可用紫外光處理；無菌或非無菌灌裝機灌裝時包材以外環境部分，可用紫外燈殺菌；無菌包裝機包材亦可采用紫外線配合雙氧水的方法來對包材進行滅菌消毒。
化學殺菌主要是采用化學消毒劑來處理設備、管路等設備，以殺死或抑制微生物的生長。常見的化學殺菌劑有以下幾種：
酸堿：常用作殺菌的酸有硝酸、鹽酸、乳酸、醋酸和苯甲酸等，常用堿的濃度為0.1~0.5mol/L。
鹵素：常用的是漂白粉或次氯酸鈉，用于對設備、器具的消毒。次氯酸鈉具有作用迅速、無泡沫、無礦物質膜形成、殺菌范圍廣泛、容易配制和控制、經濟等優點，但其穩定性受光、熱、有機物的影響，會降低殺菌效果。
氧化劑：常用的是過氧乙酸、過氧化氫等。過氧乙酸殺菌作用迅速、應用廣泛，對細菌（包括芽孢）、酵母、霉菌和病毒都有殺菌效果，但其有效性與溫度有關，且會受有機物的干擾很快喪失。過氧化氫不產生泡沫，可用于噴霧，對細菌和真菌都有殺菌效果，且對孢子的殺傷效果達到100%。
含碘殺菌劑：受殺菌環境的pH影響較大，只在酸性條件下起作用。碘殺菌劑作用范圍廣泛迅速、使用過程中覆透性好、容易配制、容易控制和有效期長。在有機物存在時，殺菌作用效果比次氯酸鹽強。
季銨鹽化合物：由四個有機基團與氨原子連接而成的陽性大分子，對大部分金屬無腐蝕性，且對絕大多數細菌有殺菌作用，但對革蘭氏陰性菌有選擇性或作用緩慢。
綜上所述，殺菌設備的殺菌方式多種多樣，具體選擇哪種方式取決于設備的類型、使用環境以及所需達到的殺菌效果。在實際應用中，通常會根據具體情況選擇合適的殺菌方式或組合使用多種殺菌方式以達到最佳的殺菌效果。
